El plan estratégico 2000-2006 contempla seis áreas clave de resultados:

1. Establecer prioridades de conservación y mejorar el proceso de selección de proyectos, así como los mecanismos de monitoreo y supervisión.

2. Servir como catalizador para el establecimiento de programas independientes y fondos regionales.

3. Elevar la capacidad organizativa y la estabilidad financiera de organizaciones civiles mexicanas, a través de la construcción de comunidades de aprendizaje, la cooperación y la administración del conocimiento.

4. Ampliar la conciencia pública sobre la importancia de conservar los recursos naturales.

5. Promover esquemas de conservación en áreas protegidas, tanto públicas como privadas.

6. Incrementar el monto disponible de recursos de financiamiento para proyectos de conservación e iniciativas estratégicas.

 Durante el año 2007 el equipo del FMCN trabajará en el desarrollo del Plan Estratégico correspondiente al periodo 2007-2012.