Reservas Marinas
En su programa de áreas marinas, el FANP cuenta con cuatro proyectos:

• Durante el año 2000, la Comisión de las Comunidades Europeas aprobó el proyecto “Reservas Marinas”, con el propósito de establecer mecanismos de procuración de fondos locales en las áreas protegidas Isla Contoy y Ría Lagartos, y consolidar el manejo de las áreas protegidas de Sian Ka’an e Islas del Golfo de California. El proyecto concluyó en marzo del 2004 y en el mes de septiembre de 2004 el FMCN recibió el último desembolso del proyecto.
• Con el fin establecer un fondo patrimonial para solventar las operaciones de las áreas protegidas marinas Xcalak y Banco Chinchorro, durante el año 2000 la Fundación Summit acordó realizar aportaciones patrimoniales anuales al FMCN, hasta por un total de US$1.6 millones. Al cierre del año 2004, las aportaciones conjuntas de la Fundación Summit y The Homeland Foundation (ahora Marisla) ascienden a US$350 mil. El Programa Operativo 2004, financiado con los intereses de este fondo, apoyó la vigilancia del área protegida y actividades de control de especies introducidas.

• Con el fin de establecer un fondo patrimonial para la conservación de la Isla Espíritu Santo, que fue expropiada de manera concertada en enero del año 2003, durante el mes de septiembre del año 2002 el FMCN recibió por parte de la Fundación Packard, una aportación patrimonial de US$1.5 millones.
• Durante 2003 el FMCN dio inicio a una campaña de capitalización con el fin de establecer un fondo patrimonial para apoyar la operación básica de la futura Reserva de la Biosfera Bahía de los Ángeles, en el Golfo de California. Las Fundaciones Marisla y Packard, han realizado aportaciones patrimoniales por un total de US$375 mil , mientras que el Consejo Directivo del Global Conservation Fund de Conservation International está analizando la propuesta por parte del FMCN por US$1 millón. Las aportaciones a dicho fondo patrimonial se consideran contrapartida del segundo donativo del GEF.

El Golfo de California está considerado como uno de los grandes ecosistemas marinos con mayor productividad y diversidad biológica en el mundo, así como una región de gran importancia derivada de sus franjas costeras y cuencas terrestres, en donde existe una gran riqueza biológica y cultural. En respuesta a la creciente necesidad de conservar dicha riqueza, durante el año 2001 se propuso la creación de un Fondo Ambiental, como componente básico de un esquema de conservación regional .
La región del Golfo de California alberga un gran número de organizaciones civiles, universidades y centros de investigación, los cuales, aunados a los organismos gubernamentales y a los sectores privado y social, constituyen una gran comunidad que realiza esfuerzos para recuperar y conservar la riqueza de la región para el beneficio de futuras generaciones.
El FCGC es un mecanismo financiero centrado en la región del Golfo de California con una visión de sustentabilidad, que brinda apoyo técnico y financiero a proyectos de conservación y vinculación comunitaria. El FCGC abarca la bioregión noroeste definida por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO) y considera esfuerzos previos de identificación de áreas prioritarias para la conservación, como los promovidos por la Coalición para la Sustentabilidad del Golfo de California que dieron como resultado, entre otras cosas las áreas de importancia biológica.
Los recursos de este fondo provienen de las donaciones directas de clientes de la empresa de turismo de naturaleza Lindblad Expeditions (LEX) que opera en la región y lleva a cabo la campaña permanente de procuración de fondos para la conservación “Baja Forever”.

Los recursos obtenidos son apalancados en tantos iguales por recursos propios del FMCN y de la Fundación Packard. De esta forma cada dólar recaudado a bordo de las tres embarcaciones que operan en la región, Sea Bird, Sea Lion y Sea Voyager, se convierte en tres dólares para apoyar proyectos.
Este mecanismo financiero apoya las iniciativas que inciden en ambientes marinos, costeros e insulares de la región y que contemplen esquemas de manejo ambiental integral con alternativas productivas y de uso sustentable de los recursos. También apoya proyectos que promuevan mecanismos y vínculos con sectores productivos y que fomenten sinergias con actores locales y tomadores de decisiones.
En el año 2004 se sentaron las bases para el diseño de la convocatoria correspondiente al ciclo 2005, que cuenta con recursos asegurados por aproximadamente $400 mil dólares.
El FCGC opera actualmente como un programa del FMCN, a pesar de ser un fondo privado constituido bajo la figura de Asociación Civil. Cuenta con un Comité Técnico y un coordinador general. El Comité Técnico está constituido por representantes de diversos sectores de la región que conocen a fondo su problemática económica, social y ambiental.
Se planea que el FCGC tenga una estructura mixta dotada de 1) recursos patrimoniales para solventar su mantenimiento, operación y administración, así como el apoyo a proyectos y 2) recursos extinguibles destinados al apoyo de proyectos de conservación, a través de la estrategia de asignación de recursos.