El Fondo para el Sistema Arrecifal Mesoamericano (Fondo sam) es una alianza creada por los cuatro fondos ambientales de Belice, Guatemala, Honduras y México, como un mecanismo financiero para la conservación y uso adecuado de los recursos en la ecorregión del Sistema Arrecifal Mesoamericano. Es el primer fondo ambiental del hemisferio occidental que trasciende las fronteras de cuatro países para atender una ecorregión completa. El Fondo Mexicano para la Conservación de la Naturaleza, A.C. (fmcn) es el socio mexicano de esta alianza, responsable de canalizar los recursos a los proyectos en México.

La primera convocatoria del Fondo sam para recibir propuestas de proyectos tuvo lugar en 2006 con el fin de atender las amenazas a las áreas protegidas costeras y marinas de los cuatro países del Sistema Arrecifal Mesoamericano. El Fondo sam canalizó recursos al fmcn para apoyar tres proyectos enfocados en un análisis comparativo de las poblaciones de peces de la costa sur de Quintana Roo a lo largo de una década; elaborar el programa de uso público del complejo Parque Nacional Tulum y zona de monumentos arqueológicos Tulum-Tankah; y determinar las amenazas y posibles estrategias de mitigación en la afectación a mantos de rodolitos como objetos de conservación en el Caribe.

El Fondo sam publicó su segunda convocatoria en 2008, la cual estuvo enfocada en financiar prácticas innovadoras de manejo aplicado en la red inicial de áreas protegidas costeras y marinas en la región SAM. El fmcn participó en el Comité Técnico que revisó las doce propuestas recibidas para la ecorregión. El Consejo Directivo del Fondo sam aprobó las seis propuestas sugeridas para financiamiento por el Comité Técnico: dos en Belice, una en Guatemala, una en Honduras y dos en México. El fmcn canalizó en 2009 los recursos para los dos proyectos en México enfocados en la implementación de estrategias para la sustentabilidad y comercio justo en la cadena productiva de la langosta en las reservas de la biosfera Sian Ka’an y Banco Chinchorro, así como en la pesca y comercialización sustentable del caracol rosado Strombus gigas de la Reserva de la Biosfera Banco Chinchorro.

En 2009 el Fondo SAM publicó su tercera convocatoria enfocada en financiar iniciativas innovadoras para el manejo comunitario de pesquerías y la aplicación de regulaciones pesqueras. El FMCN canaliza recursos a los tres proyectos seleccionados para México: