Como parte de las contrapartidas al Fondo para Áreas Naturales Protegidas (FANP), la Fundación Gonzalo Río Arronte, I.A.P. y la Fundación David and Lucile Packard aportaron recursos patrimoniales para apoyar la captación de agua en dos cuencas prioritarias en las reservas de la biosfera Sierra de Manantlán (en Jalisco y Colima) y El Triunfo (en Chiapas).  Estas cuencas proveen importantes servicios ambientales. Por varios años los intereses de estos donativos se han destinado a las actividades de Programas Operativos Anuales de cada reserva, que fueron diseñados por el personal de la Comisión Nacional de Áreas Naturales Protegidas (CONANP). A partir de 2009 la mayor parte de los recursos apoya Proyectos Innovadores Estratégicos (PIE) a cargo de la sociedad civil. un proyecto en cada área natural protegida (AP)  a cargo de organizaciones de la sociedad civil. En 2010 el FMCN apoya un proyecto para los servicios  ambientales en la Sierra de Manantlán, que incluyen el  abastecimiento de agua a la ciudad de Colima. Esta iniciativa participará en el proyecto Cuencas y Ciudades del Programa de Conservación de Cuencas del FMCN.

La Reserva de la Biosfera Sierra de Manantlán (RBSM) se encuentra ubicaba 90 por ciento en el estado de Jalisco y 10 por ciento en el estado de Colima. Fue decretada en 1987 con una superficie de 139,575 ha y forma parte de la Sierra Madre del Sur, cerca de su confluencia con el Eje Neovolcánico Transversal y la Sierra Madre Occidental. Contiene una gran variedad de condiciones ambientales que albergan a más de 2,900 especies de plantas vasculares, que representan 10 por ciento de la flora vascular de México. Dentro de los servicios ambientales que provee la RBSM destaca la aportación constante de grandes volúmenes de agua. Incluso en la época de sequía, la humedad captada por la masa forestal se condensa y, en forma de precipitación indirecta, llega hasta los cauces superficiales o subterráneos, que son aprovechados en los valles aledaños antes de desembocar en los tres ríos de la región: Ayuquila-Armería, Marabasco y Purificación. Se estima que la producción total de agua de la Sierra de Manantlán es de alrededor de 700 millones de metros cúbicos anuales, los cuales benefician a 430 mil habitantes, incluido el corredor turístico Manzanillo-Costa Alegre.

La Reserva de la Biosfera El Triunfo (rbet) se localiza en la porción central de la Sierra Madre de Chiapas. Con una superficie de 119,177 ha, esta AP alberga diez de los 19 tipos de vegetación registrados en el estado. Contiene uno de los remanentes más importantes de bosque mesófilo de montaña en México, que es uno de los ecosistemas más amenazados en el país. La cuenca hidrológica en la que se encuentra la rbet es una importante fuente de agua para la región del Pacífico, así como para la Depresión Central de Chipas. El agua proveniente de la rbet mantiene uno de los complejos de humedales más notables en Norteamérica, que se localiza en la reserva vecina, La Encrucijada. La cuenca de la rbet reviste gran relevancia en la generación de energía hidroeléctrica en el país; se estima que captura un promedio de 171 millones de metros cúbicos de agua por año, que conducen al Río Grijalva. Las cuatro presas que se encuentran a lo largo de este río generan 40 por ciento de la energía hidroeléctrica del país. Una estimación preliminar sugiere que el agua proveniente de la rbet produce 11 por ciento de este total con un valor de us$44.5 millones al año.

Texto actualizado en junio de 2010.