Como parte de su Plan Estratégico 2008-2012, el FMCN requiere resultados de evaluaciones periódicas de sus programas. En el primer semestre de 2010 el FMCN contrató una evaluación independiente para analizar del desempeño del FCGC y elaborar propuestas concretas para su mejora y evolución. La principales conclusiones del consultor fueron entre otros, que los socios en la región aprecian positivamente al FCGC ya que se reconocen las virtudes de contar con una fuente más de financiamiento que además corresponde a una entidad mexicana y que uno de los logros indirectos del FCGC ha sido el fortalecimiento de organizaciones de la sociedad civil en la región. El consultor recomendó redefinir el FCGC, ya que desde sus orígenes este fondo no ha tenido una directriz clara, y buscar mayores sinergias entre el FCGC y el Fondo Marino para el Golfo de California (FMGC) ya que para los actores en la región no existe ninguna diferencia entre los mismos.

Para atender estas recomendaciones y a petición del Comité del FCGC, en mayo de 2010 los Comités del FCGC y del FMGC llevaron a cabo una reunión de planeación estratégica para definir el enfoque del Programa de Conservación de Mares y Costas en el Golfo de California. Los integrantes de los dos comités acordaron operar el FCGC y el FMGC bajo un solo comité. La visión acordada es “los ecosistemas marino-costeros objeto del programa están saludables e interconectados y proveen los bienes y servicios ecosistémicos correspondientes” y la misión es “financiar iniciativas en las AMP (del Golfo de California) y sus zonas de influencia para asegurar la conservación de una red de ecosistemas marino-costeros representativos en el largo plazo”.