Entre 2004 y 2009 el Programa de Apoyos Estratégicos (PAE) apoyó iniciativas que el Comité de Conservación consideró clave por su impacto en la conservación de bosques y por sumar esfuerzos con otros donantes. Estos proyectos fueron seleccionados en respuesta a una convocatoria del FMCN en 2004. En 2010 continúa el proyecto "Programa de ordenamiento y restauración ecológica de los tributarios del río Lacantún, localizados frente a la porción sur de la Reserva de la Biosfera de Montes Azules" del Centro Interdisciplinario de Biodiversidad y Ambiente, A.C. (CeIBA), el cual trabaja en la región de la Reserva de la Biosfera Montes Azules ubicada en Chiapas. El proyecto tiene como objetivo diseñar y promover el establecimiento de los ordenamientos pesqueros comunitarios; promover acciones de saneamiento de los ecosistemas acuáticos de la región; diseñar y promover estrategia de restauración de riberas y áreas estratégicas de la microcuenca; y promover la instalación de sistemas alternativos de aprovechamiento de los ambientes acuáticos a través del fortalecimiento de las capacidades de los productores. El proyecto se encuentra en su  última etapa, la cual contempla la liberación de los modelos de conservación y restauración de áreas degradadas para su aplicación masiva con recursos de otras instituciones y organizaciones de apoyo.