En 2007 el FMCN coordinó la elaboración del Plan Estratégico 2007- 2012 para el cual tomó como insumo la consulta nacional realizada en 2006. La elaboración formal de dicho plan el FMCN fue supervisada por el Consejo Directivo del FMCN. El FMCN contrató a un consultor como facilitador del proceso, realizó talleres con su personal y con expertos en distintos temas de conservación. En la reunión de diciembre el Consejo Directivo aprobó la versión final del Plan Estratégico que consta de tres objetivos que atienden la conservación de los recursos naturales, tres objetivos enfocados en el manejo de los recursos financieros, cuatro objetivos que se concentran en la operación de la organización y dos objetivos que atienden los recursos humanos. Estos 12 objetivos están orientados al logro de la misión del FMCN de financiar y fortalecer esfuerzos para la conservación y uso sustentable de la biodiversidad de México.

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